政府機關導入資訊安全管理系統是行政院國家資通安全會報的政策目標，本中心列為B級資訊安全管理重要機關，於95年12月著手進行導入建置，並組成專案工作小組監督各項導入工作，於96年10月19日建置完成正式維運，嗣分別於96年12月10日及96年12月31日通過ISO/IEC 27001:2005國際認證及CNS27001:2006國家認證。經警察大學林宜隆教授代表環奧驗證股份有限公司，於97年1月28日在本中心96年年終業務檢討會時，將證書頒發予本中心林主任。
資訊安全管理系統程序需要持續維護並落實運行才能發揮效用、保障組織資訊安全。本中心取得認證證書只是一個開端，往後將持續確保資訊安全管理系統正常運作，落實資訊安全管理，以提升本中心整體安全防護效能。