本中心資訊安全管理系統(ISMS)自95年12月起開始導入建置「資訊安全管理系統」(Information Security Management System,以下簡稱ISMS)，於96年12月以至善樓電腦機房及地籍資料庫電腦機房為驗證範圍，通過ISO27001/CNS27001標準驗證，嗣持續維運，通過各年度定期複核(Surveillance Audit)驗證，並於99年11月通過重新驗證稽核(Renew Audit)，取得新一階段的證書；101年度ISMS維運結果於101年11月19日順利通過定期複核，由驗證機構香港商漢德技術監督服務亞太有限公司臺灣分公司(TÜV)於102年1月16日至本中心頒發證書，維持ISO/CNS27001標準驗證證書之有效性。