臺灣四周環海，國民生活與海洋息息相關，「中華民國領海及鄰接區法」的訂定，使我國海域國土範圍劃設有所依據；行政院並於88年公布中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線（98年修正公告），實質向國際社會宣示我國領海主權及測算其他海域權利得主張之基礎與範圍。自基點向外海延伸12浬之連線範圍為我國領海，再向外之連線範圍為鄰接區範圍，明確劃設出我國海域國土範圍。國土基本資料為國家建設、土地規劃利用之重要依據，為建立完整之國土基本資料，我國於96年公布施行「國土測繪法」，該法第4條明確揭示中央主管機關應辦理全國性海域基礎圖資測繪及國土基本資料建置工作。
領海及鄰接區海域基本圖簡稱海域基本圖，主要內容包含海底地形與水文資料為主題之地圖。海域基本圖的目標為延續陸域基本控制測量系統，據以確定國家海域，作為海洋資源開發使用、規劃管理之依據，減少海事、漁業糾紛；整合陸地及海洋測量系統，以利國土整體規劃，永續經營。為建立完整海域基本圖，內政部研擬「國家基本測量發展計畫」，自93年度起辦理海域基本圖測量。嗣於「基本測量及圖資測製實施計畫」、「我國大陸礁層與島礁調查計畫」及「我國海域調查與圖資整合發展計畫」項下，持續推動海域基本圖測量工作，並於96年起交由本中心執行。
隨著航運及漁業發展，海上航行安全日益受到重視，國際海事組織（International Maritime Organization, IMO）為促進各國政府及各國航運業界提升海上安全，於97年決議將電子航行圖(Electronic Navigational Charts，ENC)取代紙本海圖為全球海域航行圖，ENC可藉由數位型式調和船舶、海岸與船岸間海事資訊之蒐集、整合、交換、展示與分析，強化航行相關服務，提升海上安全、保安及海洋環境之保護，為目前世界各國航船參考的通用圖資。基此，內政部為善盡海洋國家的國際社會責任及因應國際化與資訊化的國際現勢，擴大海域調查資料應用及圖資整合範疇，滿足國際海上人命安全公約（International Convention for the Safety of Life at Sea，SOLAS)對航行安全的要求，自105年度起水深資料調查及整理工作，從原辦理測製海域基本圖工作，調整為建置ENC前置資料。
為統一國內水深測量成果基準，內政部於111年4月13日以台內地字第1110261478號公告「深度基準及深度系統」之成果，相關資料由內政部地政司供應，經選定33個長期潮位站及其水準點作為深度基準，透過長期潮位站1993至2020年之潮位觀測紀錄，經調和分析重建2003 至2021年完整19年天文潮周期之潮位時序資料，並以相對於2012.0參考時刻之平均海水面，所推估之最低天文潮(Lowest Astronomical Tide, LAT)作為深度起算之零點，並結合33個長期潮位站觀測紀錄、測高衛星觀測技術及海洋動力數值模式，建立臺灣周邊海域之平均海水面模型與潮位模式，據以建置最低天文潮(LAT)模型，作為深度計算之依據，並命名為「二○二一深度系統」(TaiWan Chart Datum system 2021, 簡稱 TWCD2021)。
內政部鑑於我國海洋地形測量尚未有統一的水深測量作業規範，為利跨部會海域測量資料銜接，加速水深調查工作成果整合，以發揮政府資源投入最大效益，依據國土測繪法、基本測量實施規則及應用測量實施規則等相關規定，並參酌國際海道測量組織（International Hydrographic Organization，IHO）相關規範及各部會水深測量作業經驗，於109年2月18日以台內地字第1090260292號函訂定「水深測量作業規範」，另因應109年公告「內政部基本測量2020年成果」及IHO同年9月發布最新規範及實務作業要求，於111年3月15日以台內地字第1110260910號函公告修正「水深測量作業規範」供各界遵循應用，本中心辦理之水深測量調查作業程序及成果均符合該規範。
本中心配合內政部政策，自96年起負責執行內政部交辦之各項海域水深測量工作計畫，各年度成果完成後均送交內政部統一管理並對外供應，如需取得相關成果，請洽內政部地政司方域科或臺灣電子航行圖中心提出申請。
(一)配合內政部「國家基本測量發展計畫」執行海域基本圖建置工作（93-96年）
內政部依據「國家基本測量發展計畫」辦理海域基本圖測量工作，於93年度試作嘉義縣鰲鼓農場與臺南市七股附近海域之海域基本圖測量工作，完成42幅五千分之一及12幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約500平方公里。95年度完成新北市部分沿海地區61幅五千分之一及8幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約820平方公里；96年度內政部交由本中心執行，完成新北市、桃園市部分沿海地區82幅五千分之一、9幅二萬五千分之一及1幅五萬分之一海域基本圖，面積約1,000平方公里。
(二)配合內政部「基本測量及圖資測製實施計畫」辦理海域基本圖建置工作（99-101年）
配合內政部「基本測量及圖資測製實施計畫」，由本中心辦理海域基本圖測量，100年度完成桃園市、新竹縣市、苗栗縣部分沿海地區84幅五千分之一及11幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約464平方公里；101年度完成苗栗縣部分沿海地區27幅五千分之一及4幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約140平方公里。
(三)配合內政部「我國大陸礁層與島礁調查計畫」辦理水深資料蒐集及整理工作（102-103年）
配合內政部「我國大陸礁層與島礁調查計畫」，由本中心協助辦理臺灣本島及周邊鄰近島嶼之水深資料蒐集相關工作，102年度起由本中心協助辦理相關工作。102年度完成苗栗縣、臺中市部分沿海地區38幅五千分之一及4幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約206平方公里；103年度完成臺中市、彰化縣部分沿海地區51幅五千分之一及6幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約274平方公里。
(四)配合內政部「我國海域調查與圖資整合發展計畫」辦理臺灣周邊海域基礎調查工作（104-109年）
內政部「我國海域調查與圖資整合發展計畫」辦理臺灣周邊海域基礎調查工作，將水深資料調查與整理工作交由本中心辦理，104年度辦理彰化縣、雲林縣、嘉義縣及澎湖縣部分沿海地區278幅五千分之一及26幅二萬五千分之一海域基本圖，面積約1,540平方公里，另為辦理電子航行圖前置資料建置，於辦理水深資料調查與整理工作同時，試辦海床特徵物偵測及有礙航安疑義資料之消除作業。
105年度起，除賡續辦理水深資料調查與整理工作外，為配合內政部海域圖資測製政策轉換，將原測製海域基本圖調整為建置ENC前置資料，提供內政部未來轉製電子航行圖使用。105年度辦理完成嘉義縣、臺南市、高雄市、屏東縣及金門縣部分沿海地區，工作範圍面積約1,902平方公里。106年度辦理完成連江縣南竿鄉至北竿鄉及東引鄉間、澎湖縣桶盤嶼、望安島、東吉嶼及西吉嶼與七美嶼、花嶼及貓嶼周邊部分海域，工作範圍面積約1,585平方公里。107年度辦理完成臺灣本島桃園市至雲林縣外海部分地區，工作範圍面積約1,512平方公里。108年度辦理完成彰化縣及雲林縣外海部分海域與新北市至宜蘭縣近岸部分海域，工作範圍面積約1,494平方公里。109年度辦理完成嘉義縣及台南市外海部分海域，工作範圍約1,543平方公里。
(五)配合內政部「海域測繪與多維度圖資應用發展計畫」辦理臺灣周邊海域基礎調查工作（110-115年）
內政部「海域測繪與多維度圖資應用發展計畫」為建置國家三維海域底圖，以利海洋經營永續發展，並測置更新電子航行圖資，實現智慧化航行政策目標，委由本中心辦理臺灣周邊海域基礎調查工作，110年度辦理完成連江縣、金門縣及澎湖縣外海及近岸部分海域，工作範圍面積約1,756平方公里，111年度辦理完成澎湖縣外海部分海域，工作範圍約1,957平方公里，112年度辦理完成連江縣、澎湖縣、新北市、基隆市及桃園市周邊部分海域，工作範圍約4,120平方公里，113年度規劃辦理桃園市至彰化縣、澎湖縣外海及近岸部分海域，工作範圍約3,839平方公里。
歷年海域基本圖及水深測量資料建置成果統計表
| 年度 |
建置圖幅數
（製圖比例尺） |
面積（大約） |
範圍 |
經費來源 |
| 93 |
42（1/5,000）
12（1/25,000） |
500平方公里 |
嘉義縣鰲鼓農場與臺南縣七股海域 |
國家基本測量發展計畫 |
| 95 |
61（1/5,000）
8（1/25,000） |
820平方公里 |
新北市海域
（貢寮至金山） |
| 96 |
82（1/5,000）
9（1/25,000）
1（1/50,000） |
1,000平方公里 |
新北市與桃園市海域
（金山至竹圍） |
| 100 |
84（1/5,000）
11（1/25,000） |
464平方公里 |
桃、竹、苗海域
（竹圍至竹南） |
基本測量及圖資測製實施計畫 |
| 101 |
27（1/5,000）
4（1/25,000） |
140平方公里 |
苗栗縣海域
(竹南至後龍) |
| 102 |
38（1/5,000）
4（1/25,000） |
206平方公里 |
苗栗、臺中海域
(通霄至大安) |
我國大陸礁層與島礁調查計畫 |
| 103 |
51（1/5,000）
6（1/25,000） |
274平方公里 |
臺中、彰化海域 |
| 104 |
161（1/5,000）
15（1/25,000） |
850平方公里 |
彰、雲、嘉近岸海域
(崙尾水道至布袋港) |
我國海域調查與圖資整合發展計畫 |
117（1/5,000）
11（1/25,000） |
690平方公里 |
澎湖群島部分海域 |
海域基本圖
成果小計 |
663（1/5,000）
80（1/25,000）
1（1/50,000） |
4,944平方公里 |
|
| 105 |
226（1/5,000） |
1,378平方公里 |
嘉義布袋至屏東枋寮海域 |
我國海域調查與圖資整合發展計畫 |
| 80（1/5,000） |
524平方公里 |
金門海域 |
| 106 |
86（1/5,000） |
340平方公里 |
連江縣部分海域 |
| 245（1/5,000） |
1,245平方公里 |
澎湖群島部分海域 |
| 107 |
279（1/5,000） |
1,512平方公里 |
桃園市至雲林縣外海部分海域 |
| 108 |
145（1/5,000） |
739平方公里 |
新北市至宜蘭縣近岸部分海域 |
| 146（1/5,000） |
755平方公里 |
彰化縣至雲林縣外海部分海域 |
| 109 |
127（1/5,000） |
729平方公里 |
嘉義縣外海部分海域 |
| 128（1/5,000） |
814平方公里 |
臺南市外海部分海域 |
| 110 |
374（1/5,000） |
1,756平方公里 |
連江縣、金門縣及澎湖縣外海及近岸部分海域 |
海域測繪與多維圖資應用發展計畫 |
| 111 |
359（1/5,000） |
1,957平方公里 |
澎湖縣外海部分海域 |
| 112 |
796（1/5,000） |
4,120平方公里 |
連江縣、澎湖縣、新北市、基隆市及桃園市周邊部分海域 |
水深資料調查
成果小計 |
2,991（1/5,000） |
15,869平方公里 |
|
| 合計 |
3,654（1/5,000）
80（1/25,000）
1（1/50,000） |
20,813平方公里 |
|
93年至104年海域基本圖作業範圍圖
105年至112年辦理水深資料調查作業範圍圖
113年規劃辦理水深測量作業範圍
海域基本圖測繪成果
電子航行圖成果
海床特徵物偵測成果（沈船）
海床特徵物偵測成果（魚礁）