考量社經環境的快速變化及實際需求，95至104年使用之土地使用分類系統表於103年度開始進行編修，除小幅度納入農業部林業及自然保育署及水保局分類，俾利成果分類相互對應銜接外，另在不顯著增加作業成本及時程前提下，適當調整提升部分常用3級分類項目至第2級分類，修訂後之分類系統表業於104年4月13日經內政部修正頒布，整體為層級式樹狀結構，共分為3級。第一級共分為9大類，第二級就第一級之劃分再細分57類、第三級則就第二級之架構再分為稻作等101類，均分別給予編碼並闡明第三級分類項目之說明，105年至108年之國土利用調查成果將採用此系統表進行更新作業。